W 1209 roku św. Franciszek założył nowy zakon. Siebie i swoich towarzyszy nazwał „braćmi mniejszymi”, co miało podkreślać ich świadomy wybór drogi miłości i uniżoności. Franciszek nakazał braciom w regule praktykować życie w ubóstwie i uniżeniu. Reguła zakonna nowego zgromadzenia został zatwierdzona ustnie w 1209 roku przez papieża Innocentego III, a oficjalne zatwierdzenie nastąpiło w 1223 roku przez papieża Honoriusza III. Po śmierci założyciela zaczęto zakonników nazywać franciszkanami.
W wyniku różnic na tle kulturowym, historycznym i geograficznym, oraz na skutek różnic w praktycznym stosowaniu reguły, wyłoniły się trzy, niezależne od siebie i istniejące do dziś zakony franciszkańskie: franciszkanie konwentualni, franciszkanie-obserwanci oraz kapucyni. Symbolem franciszkanów jest grecka litera Tau, przypominająca swoim wyglądem krzyż.
Pierwszy zakon franciszkański na ziemiach polskich założony został około roku 1234 roku we Wrocławiu, natomiast trzy lata później osiedlili się w Krakowie.
Kapucyni wyłonili się z franciszkanów 11 lat po podziale na Braci Mniejszych i Braci Mniejszych Konwentualnych, w roku 1528. Matteo Serafini da Bascio był rozczarowany odchodzeniem przełożonych od surowej reguły św. Franciszka, dlatego postanowił wraz z kilkoma braćmi wrócić do źródeł żebraczego życia, jak nakazał święty założyciel. Nowe zgromadzenie napotkało na wiele trudności na drodze do ostatecznego zatwierdzenia, które nastąpiło w 1560 roku. Rok 1608 był dla zgromadzenia przełomowy, ponieważ wówczas Stolica Apostolska uznała oficjalnie kapucynów za pełnoprawnych spadkobierców idei św. Franciszka, a w 1619 roku udzieliła całkowitej autonomii i niezależności. Wydarzenie to uznawane jest za oficjalny początek Zgromadzenia Braci Mniejszych Kapucynów.
XIX wiek jest dla zakonu czasem niemal całkowitego wymarcia na terenie Europy. W związku z sytuacją polityczną wiele klasztorów zostało skasowanych, zamykano nowicjaty, a bracia chcący bez przeszkód pracować emigrowali do Ameryki Łacińskiej i Stanów Zjednoczonych. Koniec wieku XIX przyniósł wybór nowego generała ojca Bernarda Christena z Amstatt i odrodzenie zakonu (z 7000 braci w roku 1888 do 10056 w 1910 roku).
Od tego czasu zgromadzenie nieustannie się rozwija (z wyjątkiem czasu obu wojen, kiedy poniosło straty zarówno w ludziach jak i materialne). Nazwa wywodzi się z włoskiego słowa cappuccio czyli kaptur i odnosi się do stroju zakonnego, składającego się z brązowego habitu z długim kapturem. Habit przewiązany jest tak jak w pozostałych zakonach franciszkańskich sznurem z trzema węzłami symbolizującymi śluby zakonne.
Na ziemie polskie kapucynów sprowadził król Jan III Sobieski w 1681 roku. Zakonnicy osiedlili się najpierw w Warszawie, później założyli kolejne klasztory. W 1754 roku powstała pierwsza polska prowincja kapucynów. Po II Wojnie Światowej zakonnicy stracili większość klasztorów na wschodzie, za to podjęła trud tworzenia nowych parafii na ziemiach zachodnich.
Z zakonu wywodzi się 15 świętych i 45 błogosławionych (w tym 6 Polaków: Honorat Koźmiński, Fidelis Chojnacki, Florian Stępniak, Henryk Krzysztofik, Symforian Ducki i Mieczysława Kowalska).
